Az 1997-ben megalakult nemzeti park területe (56.997 hektár) hat korábbi tájvédelmi körzetből tevődik össze. Életrehívásával megvalósult a magyar természetvédelem régi álma: a sokáig egymástól külön álló védett területek összekapcsolásával létrejött a Balaton-felvidék összefüggő területére kiterjedő védett ökológiai rendszer.
Tájegységei közül a Kis-Balatont a vizes élőhelyek nemzetközi védelmét szolgáló Ramsari Egyezmény is óvja. A Tihanyi-félsziget - kiemelkedő geológiai értékei és a területen zajló természetvédelmi munka elismeréseként - 2003-ban Európa Diplomás területté vált. A nemzeti parkot részben lefedő, illetve azon túlnyúló Natura 2000 területek az európai jelentőségű élőhelyek, állat- és növényfajok megőrzésének lehetőségét hivatottak biztosítani. A Bakony-Balaton Geopark - melynek területe részben a nemzeti parkban található - az itt fellelhető földtani, természeti és kultúrtörténeti értékek bemutatását, társadalmi jelentőségük tudatosítását tűzi ki célul.
