A Labirintus barlangjait több százezer éve használták elődeink.
A Vértesszőlősön feltárt előemberi leletekkel egyidős, 350 000 éves kő- és kavicseszközök maradványai jelzik, hogy már az előember is használta a barlangokat. Valószínű, hogy később az ősemberek számára is lakhelyül, menedékül szolgáltak a Labirintus barlangjai.
A 11–12. században a Várhegyen élt emberek a Labirintusban összegyűlt vizeket kürtők építésével hasznosították, kutakat alakítottak ki. A házaikat is a barlang-kutakhoz igazodva építették.
A királyi székhellyé alakuló Buda gyarapodó lakosai nemcsak víznyerésre használták a Labirintust, hanem terményeiket – bort, élelmiszereket, stb. tároltak a barlangpincékben. Ennek érdekében a Labirintus barlangjait bővítették, közéjük átjárókat vájtak, a kibányászott követ pedig hasznosították.
A Labirintus menedékül is szolgált a gyakori tűzvészek és háborúk idején. Évszázadok során számos legenda keletkezett a Labirintus használatáról. Például a hódító törökök elásott kincseiről, a budai pasák befalazott, megunt háremhölgyeiről, titokzatos szellemek rejtekhelyeiről. Az idők folyamán a barlangok elfelejtődtek, viszont Buda növekedése miatt egyre többször fordult elő az utcák beszakadása, károsodtak épületek, különösen a 19. században. A károkat megelőzendő, több helyen törmelékkel töltötték fel az üregeket, barlangokat.
