A Természettudományi Osztály 100 éve alapított gyűjteményei közül jelenleg is gyarapodó, élő gyűjtemények a herbárium, a puhatestű és több rovarcsoport gyűjteménye, melyek a hazai tájkutatások során az osztály munkatársai és vendégkutatók gyűjtéseivel gyarapodnak. Az osztály új időszaki kiállításokkal várja látogatóit.