Az épület helyén állt a középkori Szent István plébániatemplom, melyet 1614-ben a Győrbe másodszor telepített ferencesek kaptak. Ők építettek kolostort hozzá. 1654-ben tűzvész pusztította el, de 1673-ra a templomot újjáépítették. 1710-re teljesen felépült az új rendház is a templom keleti oldalán, a megyeháza mai hangulatos udvara az ekkor épült rendházudvar. 1786-ban a szerzetesrendek feloszlatása után a rendház katonai célokat szolgált, a templomot pedig gabonaraktárként használták. 1826-ban Győr vármegye vette meg, ekkor alakították klasszicista stílusban megyeházává. Ezt a funkciót egészen 1971-ig látta el, amikor felépült a Városház téren az új Megyeháza. Ma Győr-Moson-Sopron megye Győri Levéltára működik az épületben.
