A Zalakomári Madárrezervátum 1976 óta országos védelem alatt áll. A védelmi rendeltetés egyik legfontosabb célja a fokozottan védett, és a 70-es években a mainál még jóval ritkább rétisas (Haliaetus albicilla) fészkelésének biztosítása volt.
A rezervátum nagy része többszörös természetvédelmi besorolás alá esik. Mintegy 2144 ha kiterjedésben borul az országos védettségű területek tágabb környezetére a Csörnyeberek Natura 2000 terület (HUBF20050). Ezen belül találjuk meg a mintegy 283 ha kiterjedésű Zalakomári Madárrezervátum Természetvédelmi Területet.
A ritka növénytársulás mellett a terület igazi értékét a rendkívül ritka madarak fészkelése jelenti, ezek közül is kiemelkedik a rétisas, fekete gólya és fekete harkály.
A Natura 2000 terület kijelölésekor a jelölő fajok a szarvasbogár, a vöröshasú unka, a közönséges tarajos gőte és a nagyfülű denevér voltak. A láperdőben mocsári teknőssel és vízi siklóval is találkozhatunk.
